Алтайское водохранилище располагается на реке Катунь и обладает сравнительно небольшим объемом и площадью водного зеркала, что помогает гидрологическому режиму и стоку Верхней Оби оставаться неизменными. С образованием водохранилища на Алтае широкое распространение получили водный спорт и туризм, началось массовое освоение берегов искусственного водоема в рекреационных целях.
Из-за высокой скорости течения и интенсивного перемешивания водного потока создаются неблагоприятные условия для существования живых организмов. Уровень видового разнообразия Алтайского водохранилища относительно низкий: в общей сложности в искусственном водоеме обитают 11 видов рыб (хариус, налим, ерш, окунь, подкаменщик сибирский и пестроногий, ленок, елец, сибирский голец, таймень, речной гольян). Источник питания большинства рыб, за исключением хищных — зообентос. Их размножение длится преимущественно с весны до начала лета. Лов рыбы осуществляется только рыбаками-любителями в течение всего года, промысловый лов не ведется. Чтобы избежать высокой концентрации ртути и металлов в мышечной ткани рыб, на Алтайском водохранилище проводится мониторинг вредных веществ в воде и гидробионтах. Следует отметить, что опасения увеличения сейсмической активности в результате создания искусственного водоема не оправдались. Согласно расчетам и проверкам уровень сейсмоактивности не превышает норму.