Озеро Янисъярви расположено в юго-западной части Карелии, у самой границы с Финляндией. Оно относится к бассейну Ладожского озера. Янисъярви имеет форму овала, который вытянулся с севера на юг. В длину озеро достигает чуть более 18 км, а максимальная ширина не превышает 15 км. Общая площадь водного покрова озера составляет почти 175 км². На территории озера находится 43 острова, общая площадь которых где-то 1,5 км². Все острова преимущественно вытянулись вдоль берегов, однако три из них располагаются строго по центру озера.
Структура котловины озера состоит из двух частей, которые тянутся с серо-запада на юго-восток и разделяются подводным кряжем. Южная котловина более глубокая, здесь максимальная глубина может достигать 57 м, у северной же этот показатель едва достигает 37 м. Практически всю площадь дна озера укрывают заросли ила.
У озера каменистые и возвышенные берега, которые укрыты хвойными лесами. В озеро впадает более 20 различных ручьев и незначительных рек, среди которых можно выделить Леппяоя, Вельяканйоки, Саркайоки, Юуванйоки и Соанйоки. Главным притоком Янисхярви считается мелководный пролив под названием Луопауссалми, который выходит из озера под названием Малое Янисъярви, расположенном немного севернее. Из южной части озера вытекает река под названием Янисйоки.
Основу водной растительности озера составляет тростник, который растет в основном в заливах. Воды озера богаты рыбой, здесь водятся налим и щука, плотва и ерш, сиг и окунь.