Свое название станция приобрела благодаря близости Чистого пруда и Чистопрудного бульвара. Остановка метро «Чистые пруды» относится к Сокольнической ветке и располагается между станцией «Лубянка» и «Красные Ворота». Выход со станции на площадь Мясницкие ворота и улицы Мясницкую, Чистопрудный Бульвар — Центральный Административный округ, Басманный район.
Примечательно, что и сам Чистый пруд ранее носил название Поганого, поскольку туда сбрасывались нечистоты, а после его очистки в 1703 году был соответственно переименован. До 1990 годы с момента открытия в 1935 году носила имя «Кировской» в честь советского партийного деятеля С.М. Кирова. В центральной части вестибюля располагался бюст самого Кирова, который сейчас перенесен в переход на станцию «Тургеневская». По проекту постройки станция не имела центрального вестибюля, а располагала аванзалами — двумя короткими переходами между путями метро.
В 1971 году была проведена первая реконструкция, вестибюль был построен в виде трехсводчатой пилонной конструкции. В отделке использованы светлый уральский мрамор, дымчатый мрамор — «уфалей», пол из серого и розового гранита. Интересный факт — с момента постройки да 1972 года пол был асфальтированным, что в принципе не типично для станций метрополитена. Еще одной особенностью «Чистых Прудов» является ее наземный внешний вестибюль — он особой кубической формы и является единственным сохранившимся вестибюлем такого типа. Из главного зала можно попасть по переходу на станцию «Тургеневская», которая относится к Калужско-Рижской ветке, а с 2008 года открыт новый переход на станцию «Сестринская» — Люблинско-Дмитровская ветка.
Интересным фактом о станции является расположение на ее территории в годы Великой Отечественной Войны Генерального штаба ПВО, а также здесь были впервые использованы для освещения люминесцентные лампы.